нвентаризацию правильно провести тоже 29-м?
Да, в конце дня, после всех других документов.

Был приход 29-м товара, в сличительной ведомости он почему-то не отражается. А если делаю 30-м первым документом, то вижу этот приход.
Не понимаю Вас. Где должен отражаться приход? Где видите, где не видите?

Если 30-м, то как потом проводить документы, уже приходы и т.п 30-м числом?
Если 30-м, то инвентаризация должна быть первым документом. Но это - не правильно. Инвентаризация должна закрывать период, а не открывать следующий.

На пальцах:
Есть 3кг картошки, приход 1 октября.
До 29 расход картошки 1кг
На инвентаризации 1кг, т.е. недостача 1кг.
Если мы ставим инвентаризацию 30-м числом в начале дня - то недостача подсчитается верно, будет -1кг.
Но если мы посмотрим оборотку за период с 1 по 29 октября, мы увидим остаток на конец - 2кг, т.е. результаты инвентаризации не попадут.
А если мы будет смотреть следующий период, например, с 30 октября до 30 ноября, то он тоже начнется с 2кг, а результаты _прошлого_ периода попадут в следующий, что неправильно и мешает нормальному анализу.
А вот если мы сделаем инвентаризацию последним документом 29, то оборотка с 1 по 29 покажет на конец 1кг и будет включать в себя инвентаризацию, и следующий период начнется с 1кг - с остатков после инвентаризации предыдущего периода.
Надеюсь, что понятно объяснил.

Делаю расходные накладные по списанию и порче, списываю товар, а он на остатках уже с минусом ,что делать в таких ситуациях?
В зависимости от...
Я советую списывать все, как есть - у Вас же есть первичные документы, вот пусть им полностью соответствует.
Но, есть нюансы, проистекающие оттого, что у нас излишки всегда водятся, вот эти самые "с минусом".
Например, зелень весовая. Укроп, петрушка и пр. Она обычно в картах с хорошим запасом и вечно на излишках. Есть ли смысл ее дополнительно списывать? Скорее всего, нет.
Ну и главный вопрос "что за счет чего". Если у нас в излишках картошка, то мы ее можем дополнительно не списывать на персонал, тем самым, персонал как бы есть "за счет гостей" и мы уменьшаем расходы на персонал. С другой стороны, можно на персонал оставить, как есть, а на сумму излишком уменьшить списание по реализации и показать в отчетах более высокую наценку по реализации.
В общем, по-грамотному, эти вопросы должны решаться на уровне управляющего, а не калькулятора.