Бекап через MS SMS, стандартная процедура бекапа БД
Если версия до 5.х. то сначала удаляете iiko полностью, затем устанавливаете новую версию и разворачиваете бекап. База обновится автоматически.
Если версия выше 5.х, то делаете бекап, останавливаете службу iikoRMS и просто устанавливаете новую версию. Служба запустится автоматически, база обновится автоматически.
Нужно понимать с какой версии обновляете