Можно сделать выборочную.
В принципе, можно для начала попробовать взять чистый файл из папки NEWDB, подкинуть, после чего построить отчет по категориям за нужный период. Если все будет ОК, значит, за этот период удаленные категории не использовались.
Если где-то вместо названия категорий будут цифры - это шифры категорий. Тогда вручную удаляем из файла все категории, кроме с этими шифрами.
Воспользоваться можно DBD.32

---------- Добавлено в 18:58 ---------- Предыдущее сообщение было размещено в 18:58 ----------

Ну и после этого надо реиндексацию делать