С какой версии обновлялись?
В конфигураторе (на клиенте) проверяйте настройки на закладке Управление пользователями и отчеты.
На клиентах UserManager запускается?
Брандмауер и прочие фаерволы на сервере (для проверки) отключать пробовали?
- - - Добавлено - - -
Не обновил страницу перед тем как ответить.
Судя по всему вы обновлялись с чето то типа 3,30 или раньше.
Там config.xml хранился в другом месте и скорее всего через конфигуратор вы правили один файл, а софт брал настройки из другого