С какой версии обновлялись?

В конфигураторе (на клиенте) проверяйте настройки на закладке Управление пользователями и отчеты.
На клиентах UserManager запускается?

Брандмауер и прочие фаерволы на сервере (для проверки) отключать пробовали?

- - - Добавлено - - -

Не обновил страницу перед тем как ответить.

Судя по всему вы обновлялись с чето то типа 3,30 или раньше.

Там config.xml хранился в другом месте и скорее всего через конфигуратор вы правили один файл, а софт брал настройки из другого