Вопрос конечно не в той ветке ... Чтобы не слетали настройки импорта нужно сервера баз поднять на разных айпишниках. Например у компа, где сейчас стоят базы айпи адрес 192.168.0.68. Добавляем ему дополнительно 192.168.0.69. В sdbconf в полях названий серверов прописываем эти айпишники (сервер первой базы - 192.168.0.68 и сервер второй базы - 192.168.0.69). Сохраняем, перезапускаем сервера и настраиваем импорт из кипера.

З.Ы. Папки sh4 должно быть две со своими rkeeper.ini и rklogin.dll (если версии кипера разные).