Ну, с самой бд или из-за системы - это я уж не знаю.
Но, если Вы что-то вносите в Редактор, потом выходе, заходите заново, а изменений нет - это ненормальное поведение. Надо с этим разбираться для начала.

Кассы получают обновления через сервера БД - как я понимаю просто подкидываются файлы Menu.db в папку Database на серваках.
На самом деле, там не очень "просто".
Есть два режима получения данных с сервера.
1. Классический: при загрузке сервера кассы идет обращение к расшаренной папке DB на менеджере, при наличии изменений - они подкачиваются на сервер.
2. Альтернативный: если Редактор видит по netbios сервер в сети, то изменения шлются онлайн. Тут есть различные подводные камни, например, если завести блюдо, отослать таким образом на кассу, пробить на кассе, а потом удалить - в отчете о продажах будет лажа. Или если так отправить, а потом при загрузке сервера классический режим недоступен - тоже будет лажа. Вот у Вас похоже именно на этот случай: онлайн изменения проходят, а доступа к расшаренной папке нет.

При переиндексации (reindex32) происходит ошибка доступа к файлу cashies.db с пользователем System.
Еще один явный признак проблемы. У Вас точно XP?

---------- Добавлено в 03:13 ---------- Предыдущее сообщение было размещено в 03:12 ----------

Нужно что бы после закрытия редактора - меню подгружалось в серверы без лишних движений.
Если прям нужно безальтернативно - переходите на R-Keeper 7. Иначе есть нюансы.