Ответственность в первую очередь на ген.директоре, а также на главбухе, если они не понимают - ну, пусть отвечают. По закону, это хищения в особо крупных, т.е. товар формально есть, но фактически - нет, т.е. украден. Ну а если уклонения от уплаты налогов найдут, то еще круче.
Увеличивайте списание в белом, списывайте больше, чем должно быть.