Это вполне может быть, если работает в режиме "брать из инишника только те настройки, которые не заданы".Он не игнорирует инишник, допустим 256Сolor = on добросовестно понимет.
ИМХО, направление действий указано очень конкретно. Прекращайте мучить инишник и изучайте настройки конфига.Судя по молчанию я понимаю, решить проблему нельзя???