Т.е. в ручную пересчет кубов отрабатывает а автоматом нет?
Вообще периодичность расчета кубов настраивается в свойствах каждого конкретного куба (Настройки - Кубы и отчеты). По идее основная масса кубов должна пересчитываться при закрытии смены.
Посмотрите свойства кубов? И там же будет последняя ошибка (если она была)