1. Назначить дату и снять фактические остатки по всем товарам на всех складах
2. Эти фактически остатки ввести в программу документом сличительная ведомость. Если чего то по факту нет (остаток 0) то в с/в так и писать - 0
3. С этого момента у вас в программе будут реальные остатки (все минуса закроются)
4. Дальше начинаете вести документооборот (приходы и списания)
ЗЫ Дело личное, но я бы еще запретил в настройках списание в минус..