1. Нигде.
2. А как было сделано в трешке? Склад списания, независимо от версии, зависит от группы станций. Разные группы станций используете в учете и спецучете?
3. Можно, для этого нужно в SHSetup добавить ту же базу, но с другим именем. Здесь читайте. База у Вас одна, но настройки импорта будут разные. Соответственно, к какой "базе" подключились, те настройки импорта и будут работать.
4. Да, неудобно Можно выделить все строчки только.
Появятся... Спрашивайте. Многое поначалу не понравится, потом привыкнете, а потом поймете, что плюсы в четверке перевешивают все минусы.