Вот сформируйте оборотку в первом и во втором случае, и тогда сравните и наглядно увидите.
Еще раз: да, на себестоимость влияет, естественно, что есть разница, приходовать товар по нулевой цене или по последней FIFO;
В марочном отчете Вы разницу увидите!
Но! Себестоимость во втором-то случае неверная. Вот, допустим, есть у Вас какой-нибудь лосось, по цене 300р. за килограмм; вот, допустим, есть блюдо, в которое этот лосось входит в количестве 200гр, т.е. себестоимость 60р. И вот если у Вас вдруг на приготовление блюда будет этих 200гр не хватать, то в случае нулевого прихода вместо себестоимости 60р. Вы увидите себестоимость 0р. Это что, верно? Конечно, нет! Кухня же реально что-то отпустила! Просто за счет запаса по отходам (хороший случай) сэкономили эти самые 200гр и теперь отпускают их клиенту.
Опять же, решать Вам - но я предпочитаю, чтобы себестоимость не "прыгала", а уже по итогам отчетного периода из общей суммы расхода вычесть излишки и получить реальную картину. Кто-то предпочитает видеть правильную сиюминутную, но надо понимать, что эта погоня за сиюминутностью практически уничтожает возможность выправления подобных ситуаций, приведение сумм излишков к допустимому диапазону.