Сильно зависит от того что у вас уже вбито в товародвижении.
Если первичка (приходы и перемещения) забиты более-менее верно, то можно построить ведомости остатка по каждому складу в отдельности, на их основании выпустить бланки инвентаризации, снять остатки и вбить с/в (по каждому складу отдельный документ). Тем самым вы получите в программе актуальные остатки.
Если первичка не велась, то выпускать бланк инвентаризации на основе ведомости остатков - бессмысленно.
Тогда внимательно снимаете остатки на чистый лист и на основании его вносите с/в.