Это два способа, результат у которых одинаковый.
У Вас может быть товар на каждый комплект, а может быть один товар с одним комплектом, куда входят все прочие комплекты. В результате у Вас все равно будет документ расхода, в котором будут товар, или товары, со всеми комплектами, которые были на инвентаризации.
Главное, чтобы итог соответствовал тому, что сняли.