Так у вас кипер не грузится.
Вы всё верно описали: появляется командная строка. Если катаете картой, выполняется ввод с клавиатуры (потому что считыватель - всё равно, что клавиатура), а там как раз номер карты и ENTER. Система считает, что вы вводите команду, а такой команды нет.
С кипером это никак не связано. Почему кипер не грузится - разбирайтесь, то, что вы описали, не наталкивает ни на какие мысли.
Разве что вызвать специалиста, который силен, благо их тьма.