В настройках egais4pos есть периодичность обновления остатков по 2 регистру. Поставьте каждые 61 минуту и по логам egais4pos смотрите в чем проблема. Но если товара на 2 регистре в самом егаисе нет (например после подтверждения накладной вы не перевели из 1 во 2 регистр) то и в egais4posнового ничего не появится.