Он не игнорирует инишник, допустим 256Сolor = on добросовестно понимет.
Это вполне может быть, если работает в режиме "брать из инишника только те настройки, которые не заданы".

Судя по молчанию я понимаю, решить проблему нельзя???
ИМХО, направление действий указано очень конкретно. Прекращайте мучить инишник и изучайте настройки конфига.