По поводу питания персонала.
Зарывать на отдельную валюту (в неплательщиках завести)
Импорт в SH настроить "По валютам"
В итоге все что съел персонал у вас будет в отдельном документе расхода (т.е. так же как сейчас с бумажки, но автоматом)

У нас появился агент, который перепродает наши блюда в другие кафе. Он имеет 6% от нашей прибыли
Зарывать на отдельную валюту (в неплательщиках завести)
Импорт в SH настроить "По валютам"
В итоге все что он перепродал вы списываете на отдельного корреспондента.
Строите обороты по этому корреспонденту (по документам р/н)- имеете 2 цифры: Продажная и себестоимость.
При желании можно и печатную форму сделать в которой сразу будет считаться сумма.

Если использовать внутреннее перемещение, будет ли в документах отражено, что на склад поставщика получена себестоимость товаров
Ну с точки зрения складского учета все будет норм. Будет и себестоимость и прибыль.
С точки зрения бух учета так делать нельзя и нужно делать 2 документа: р/н со "склада ООО1" на "ООО2" + п/н от "ООО1" на "склад ООО2"