1) Можно ли как то ускорить ввод в накладную продуктов из подсчитанных в инвентаризации полуфабрикатов и готовых блюд. А то сейчас приходится вручную ПФ с помощью бумаги и калькулятора раскладывать на конечные продукты и вносить в накладную.
Ну, сам когда-то первый раз инвентаризацию так делал. Но вообще, все автоматически раскладывается из документа расхода. Читайте раздел про проведение инвентаризации, там много полезного, в том числе правильные алгоритмы, аж два.

2) Как закончу первый склад, можно ли копировать список товаров в другую накладную чтобы не вбивать заново а на месте редактировать.
Если Вы про копирование сличительной - можно. Документ - Копировать накладную (при это должна быть выбрана вкладка Товары).

3) Накладные за следующие за инвентаризацией дни пока не вбиваю, коплю. Вобью по дням,после того как внесу остатки по инвентаризации. Потом сделаю выгрузку из RK и расчитаю расходы по прошедшим после инвентаризации дням, по каждому складу-кассе.
Здесь вопроса не увидел.