) Как связать созданные склады в SH с нужной кассой в RK?
Не совсем с кассой - связка идет с местом реализации, для RK6 это группы станций, для RK7 - Категория заказа или ресторан.

) Если у меня для примера в меню ресторана три каталога вторых блюд (рыба, курица, мясо), а в комплектах каталог один вторые блюда, корректно ли будут связываться эти три каталога с одним, для импорта данных с RK.
Корректно. Здесь может быть связь как один к одному, так и многое к одному, и даже один ко многим

3) Как можно удалить старые комплекты, которые удаляться не хотят никак. SH пишет что на них есть ссылки в других товарах, которых по сути нет.
Скорее всего ссылки остались в спецучете