Ну для начала, ждать пересчета кубов не надо. Достаточно, чтобы смена появилась в "информации об общих сменах". Если она туда попала - 99,9%, что в отчетах она будет. Если использовать shift2sql - пересчет кубов и импорт смен не должны друг другу мешать, это независимые процессы.
Второе - встречался с таким, что в "incoming" появляются файлы, которые сменами собственно не являются. Онлайн сбор данных с кассовых серверов не включен случайно?
и я не думаю, что в UCS не догадались поставить проверку файла перед закачкой.
Догадались, конечно. Если файл испорчен - информация о проблемах с ним будет в логе сервера отчетов. Дальше, если я не ошибаюсь, он попадет в папку "retrylist". Дальше через некоторый промежуток времени опять пытается закачаться. (с алгоритмом могу врать, но общий смысл такой).

А лог сервера отчетов покажете?